Το ταμείο διοικείται από εννεαμελές Διοικητικό Συμβούλιο και τον Πρόεδρο. Το διοικητικό συμβούλιο συγκροτείται με απόφαση του Περιφερειάρχη για πενταετή θητεία και αποτελείται από:

1. τον Περιφερειάρχη ως πρόεδρο,
2. ένα μέλος της Εκτελεστικής Επιτροπής της Περιφέρειας,
3. ένα μέλος της Οικονομικής Επιτροπής της Περιφέρειας,
4. έναν εκπρόσωπο του πρώτου επιλαχόντος Συνδυασμού που υποδεικνύεται από αυτόν,
5. δύο εκπροσώπους προερχόμενους από τις Εργοδοτικές Οργανώσεις και τα οικεία Επιμελητήρια,
6. έναν εκπρόσωπο προερχόμενο από τις Εργατικές Ενώσεις,
7. δύο προϊσταμένους Υπηρεσιών της Περιφέρειας οριζόμενους από τον Περιφερειάρχη, κατά προτίμηση από την οικεία Διεύθυνση.

Τα υπό στοιχεία β΄, γ΄, ε΄, ζ΄, η΄ μέλη ορίζονται με τους αναπληρωτές τους, από τον Περιφερειάρχη. Με την ίδια απόφαση ορίζεται ένα από τα μέλη του Δ.Σ. ως Αντιπρόεδρος.
Το Διοικητικό Συμβούλιο επιμελείται των υποθέσεων και των συμφερόντων του Ταμείου και το διοικεί. Αποφασίζει για κάθε θέμα σχετικό με τις αρμοδιότητες του Ταμείου, εκτός από τα θέματα που ανήκουν στην αρμοδιότητα του Προέδρου.

Ο Πρόεδρος του Ταμείου:

1. Εκπροσωπεί το Ταμείο στα δικαστήρια και σε κάθε δημόσια αρχή και δίνει όρκους που επιβάλλονται στο ταμείο.
2. Εκτελεί τις αποφάσεις του διοικητικού συμβουλίου.
3. Είναι προϊστάμενος του προσωπικού του Ταμείου, αποφασίζει για το διορισμό, τις κάθε είδους υπηρεσιακές μεταβολές και την άσκηση του πειθαρχικού ελέγχου, σύμφωνα με τον οικείο κανονισμό και εκδίδει τις σχετικές πράξεις.
4. Διατάζει την είσπραξη των εσόδων του Ταμείου και εκδίδει τα χρηματικά εντάλματα πληρωμής σε βάρος των πιστώσεων του προϋπολογισμού.
5. Υπογράφει τις συμβάσεις που συνάπτει το Ταμείο.
6. Ασκεί τις αρμοδιότητες που ανατίθενται από το νόμο ή άλλες διατάξεις, από τον κανονισμό και με αποφάσεις του διοικητικού συμβουλίου.
7. Μπορεί με απόφασή του να αναθέτει στον αντιπρόεδρο και σε στελέχη του Ταμείου την εξουσία να υπογράφουν, με εντολή αυτού, αποφάσεις, έγγραφα, εντάλματα ή άλλες πράξεις της αρμοδιότητάς του.

Τον Περιφερειάρχη ως Πρόεδρο του Περιφερειακού Ταμείου Ανάπτυξης, όταν απουσιάζει ή κωλύεται ή η θέση είναι κενή, αναπληρώνει ο αντιπρόεδρος.

Ο Διευθυντής του ΠΤΑ διευθύνει και συντονίζει τα τέσσερα τμήματα του Ταμείου, που είναι:

Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης Επενδυτικών Προγραμμάτων

Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Οικονομικής Διαχείρισης Επενδυτικών Προγραμμάτων είναι η διαχείριση, σύμφωνα με τις αποφάσεις του Περιφερειακού Συμβουλίου, του Προγράμματος Δημόσιων Επενδύσεων (ΠΔΕ), χρηματοδοτήσεων φορέων του δημόσιου τομέα και άλλων νομικών προσώπων, χρηματοδοτήσεων προερχόμενων από προγράμματα της Ευρωπαϊκής 'Ένωσης και άλλων διεθνών οργανισμών και λοιπών φορέων του εξωτερικού, οι οποίες αφορούν τα περιφερειακά, τα νομαρχιακά, τα τοπικά και τα ειδικά αναπτυξιακά προγράμματα της περιοχής της Περιφέρειας Κρήτης. Το Τμήμα «Οικονομικής Διαχείρισης Επενδυτικών Προγραμμάτων» έχει την ευθύνη για τον ορισμό των κανόνων και των ενεργειών που ακολουθούνται στην οικονομική διαχείριση των προγραμμάτων δημόσιων επενδύσεων. Αυτό σημαίνει ότι καθορίζονται όλα τα έγγραφα και τα δικαιολογητικά τα οποία πρέπει να ελέγχονται ως προς την ορθότητα των αναφερόμενων σε αυτά στοιχείων, την ισχύ τους και την πληρότητά τους και καταγράφονται σε ειδικό έντυπο, το «φύλλο ελέγχου».

Τμήμα Επιστημονικοτεχνικής Υποστήριξης και Υλοποίησης Προγραμμάτων

Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Επιστημονικοτεχνικής Υποστήριξης και Υλοποίησης Προγραμμάτων είναι η τεχνική υποστήριξη της Περιφέρειας και ιδίως στον τομέα της εκπόνησης μελετών και ερευνών για την αποδοτικότερη αξιοποίηση των πόρων και η συμμετοχή σε προγράμματα της ΕΕ, εκτέλεση έργων, η παροχή υπηρεσιών και η εφαρμογή προγραμμάτων για λογαριασμό του Ταμείου
Το τμήμα «Επιστημονικοτεχνικής Υποστήριξης και Υλοποίησης Προγραμμάτων» έχει την ευθύνη της υλοποίησης, εφαρμογής, παρακολούθησης και αξιολόγησης ευρωπαϊκών προγραμμάτων και δράσεων που αναθέτει η Περιφέρεια και άλλοι φορείς στο Π.Τ.Α.Κ., της διοικητικής υποστήριξης των απαιτούμενων ενεργειών, της παρακολούθησης συμβάσεων – μελετών, της κατάρτισης Π/Υ προγραμμάτων, τους οικονομικούς απολογισμούς (επιμέρους και συνολικούς) προγραμμάτων και δράσεων του Π.Τ.Α.Κ. και της εκτίμησης οφέλους – απώλειας και αναμενόμενης Εθνικής και Κοινοτικής Συμμετοχής, της ενημέρωσης του Δ.Σ για την πορεία των δράσεων/προγραμμάτων και της μηχανοργάνωσης προς όφελος του Π.Τ.Α.Κ. και της Περιφέρειας.
Το Τμήμα «Επιστ/κης Υποστήριξης και Υλοποίησης Προγραμμάτων» έχει την ευθύνη και την αρμοδιότητα της διοικητικής υποστήριξης και της οικονομικής παρακολούθησης Δράσεων (ευρωπαϊκών προγραμμάτων και μελετών) οι οποίες του ανατίθενται με σχετική πράξη ανάθεσης η οποία γίνεται αποδεκτή από το Δ.Σ του ΠΤΑΚ.
Ασχολείται με τη σύνταξη τεχνικών προδιαγραφών μηχανογραφικού εξοπλισμού καθώς και των αναθέσεων προμηθειών / υπηρεσιών για τις δράσεις που υλοποιεί.
Παρακολουθεί συμβάσεις και αποφάσεις, αξιολογεί το χρόνο απασχόλησης προσωπικού, τη χρήση ακίνητου εξοπλισμού.
Σε ετήσια βάση καταρτίζει Π/Υ Ευρωπαϊκών Προγραμμάτων με αναμενόμενα οφέλη και αναμενόμενη ιδία συμμετοχή. Σε τακτά χρονικά διαστήματα, ετησίως και στο κλείσιμο του κάθε προγράμματος - δράσης πραγματοποιεί οικονομικούς απολογισμούς των προγραμμάτων - δράσεων, διενεργεί απολογισμούς δραστηριοτήτων των προγραμμάτων τα οποία υλοποιεί, αξιολογεί την απορροφητικότητα, τα οφέλη και τις απώλειες πόρων. Εκτιμά αναλογικά την αναμενόμενη Εθνική, Κοινοτική και Ιδία Συμμετοχή από τις υλοποιούμενες δράσεις-προγράμματα και προβαίνει σε ενημέρωση του Δ.Σ σχετικά με το οικονομικό αποτέλεσμα.
Η παρακολούθηση επιτυγχάνεται με καταχώρηση δεδομένων σε βάση οικονομικής παρακολούθησης. Η τεκμηρίωση, η στατιστική και η τήρηση αρχείου μελετών που αφορούν στην Περιφέρεια η μηχανοργάνωση και γενικά η αξιοποίηση της Πληροφορικής προς όφελος των Υπηρεσιών του Ταμείου και της Περιφέρειας καθώς και η συντήρηση - ενημέρωση web - site, η συντήρηση - αντιμετώπιση προβλημάτων ηλεκτρονικών υπολογιστών, τηλεφωνικού κέντρου δικτύων αποτελούν εργασίες που πραγματοποιούνται στο Τμήμα από ειδικευμένο προσωπικό.

Τμήμα Οικονομικών Υπηρεσιών

Το κύριο καθημερινό αντικείμενο του Τμήματος Οικονομικών Υπηρεσιών αποτελεί ο έλεγχος η λογιστική επεξεργασία των δαπανών των δικαιούχων και η εξόφλησή τους με την έκδοση των σχετικών ενταλμάτων και αποφάσεων πληρωμής. Το τμήμα είναι αρμόδιο για την κατάρτιση και την πορεία εκτέλεσης προϋπολογισμών του Π.Τ.Α.Κ. και την σύνταξη του ισολογισμού στο τέλος της χρήσης. Επίσης είναι αρμόδιο για την μισθοδοσία των εργαζομένων στο φορέα και για την τήρηση της νομοθεσίας σε θέματα προμηθειών και παροχής υπηρεσιών.
Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Οικονομικών Υπηρεσιών είναι:

• Κατάρτιση και εκτέλεση προϋπολογισμού
• Χρηματική Διαχείριση - έλεγχος ροής χρήματος( Μεταφορές ποσών, από οργανισμούς σε λογ/σμούς τραπεζών, από τράπεζα σε άλλη τράπεζα, έλεγχος τραπεζικών υπολοίπων, συλλογή extre σε μηνιαία βάση, τηλεφωνικές συνομιλίες, εξωτερικές εργασίες οικονομικής φύσεως)
• Ταμειακή Διαχείριση έλεγχος δαπανών (Πληρωμές Π.Δ.Ε., Ευρωπαίκών Προγραμμάτων, λειτουργικών Π.Τ.Α.)
• Λογιστική Διαχείριση - (Καταχώριση και επεξεργασία ενταλμάτων πληρωμής, γραμματίων είσπραξης, τιμολογίων, σύνταξη μισθοδοσίας, σύνταξη ΔΣΕ, αρχειοθέτηση, έκδοση εντολών πληρωμής)
• Σύνταξη ισολογισμού και αποτελεσμάτων χρήσεως
• Διαχείριση εσόδων (οικονομική διοικητική διαχείριση εσόδων για δαπάνες που αφορούν την εσωτερική λειτουργία του Π.Τ.Α.Κ., με την έκδοση αποφάσεων ανάθεσης, παρακολούθηση υπολοίπων συμβάσεων, προκηρύξεις προμηθειών & υπηρεσιών)
• Κατάρτιση ταμειακού προγραμματισμού, και απολογισμού
• Διαδικασία ανάθεσης προμηθειών και παροχής υπηρεσιών του Π.Τ.Α.Κ

Τμήμα Διοικητικών Υπηρεσιών

Το Τμήμα Διοικητικών Υπηρεσιών είναι αρμόδιο και έχει την ευθύνη των παρακάτω τομέων δραστηριοποίησης του ΠΤΑ Κρήτης :

• Διαχείριση Ανθρώπινων & Υλικών Πόρων
• Πρωτόκολλο - Διεκπεραίωση
• Γραμματειακή Υποστήριξη
• Δημόσιες Σχέσεις

Το τμήμα Διοικητικών Υπηρεσιών μεριμνά για την εξασφάλιση της ομαλής και εύρυθμης διακίνησης και διεκπεραίωσης των εγγράφων, την τήρηση πρωτοκόλλου εισερχομένων και εξερχόμενων εγγράφων καθώς και την τήρηση του αρχείου του πρωτοκόλλου.
Μεριμνά για την διακίνηση και διεκπεραίωση των εξερχομένων εγγράφων και τη διανομή αλληλογραφίας και φαξ, την γραμματειακή υποστήριξη της Διεύθυνσης, της Νομικής Υπηρεσίας και του ΔΣ. Ευθύνεται για τη λειτουργία του τηλεφωνικού κέντρου, την υποδοχή και την πληροφόρηση του κοινού.
Παρακολουθεί όλα τα θέματα υπηρεσιακής κατάστασης και ανάπτυξης του προσωπικού.
Για την αποτελεσματικότερη και αποδοτικότερη εκτέλεση των λειτουργιών του Ταμείου το τμήμα οργανώνει τον προγραμματισμό αδειών των υπαλλήλων και επιμελείται την συμμετοχή τους σε επιμορφωτικά προγράμματα κατάρτισης.
Έχει την ευθύνη συντήρησης και φύλαξης του εξοπλισμού καθώς και της καθαριότητας των κτιρίων.
Τέλος το τμήμα καλύπτει θέματα δημοσίων σχέσεων όπως συνδιοργανώσεις εκδηλώσεων, δραστηριότητες προβολής, δημοσιότητα και διαχείριση πιστώσεων για αναπτυξιακούς, πολιτιστικούς και κοινωνικούς σκοπούς.

Το Περιφερειακό Ταμείο Ανάπτυξης Κρήτης στελεχώνεται με προσωπικό υψηλής εξειδίκευσης, με μεγάλη εμπειρία στην περιφερειακή ανάπτυξη και την οικονομική διαχείριση έργων, προγραμμάτων, μελετών, προμηθειών και δράσεων αναπτυξιακού χαρακτήρα.